Koszty nadzwyczajne to kategoria kosztów przeznaczona na zakup towarów m.in. sprzętu czy oprogramowania, szacowana na bazie kosztów rzeczywistych. Może stanowić maksymalnie 20% budżetu projektu. Co ważne, koszty w tej kategorii wymagają dobrego uzasadnienia, to znaczy sprzęt zakupiony ze środków tej kategorii musi być niezbędny dla osiągnięcia celów projektu. (Nie dotyczy to standardowego wyposażenia administracyjnego). Budżet stanowi przedmiot oceny merytorycznej wniosku. Decyzję co do ostatecznej wysokości przyznanego dofinansowania podejmuje Operator.